Wyobraźmy sobie idealne amerykańskie miasteczko. Piękne domy, wypielęgnowane trawniki, dzieci bawiące się bezpiecznie na ulicach. A teraz wyobraźmy sobie, że nigdy nie będzie nam dane z niego wyjechać. Nie mamy kontaktu ze światem zewnętrznym. Mamy wrażenie, że powoli tracimy zmysły. To musi być Wayward Pines. Tajny agent Ethan Burke (Matt Dillon) udaje się do idyllicznego miasteczka o nazwie Wayward Pines, w Idaho, w poszukiwaniu dwóch zaginionych agentów federalnych. To jeden z najlepszych tajnych agentów z oddziału w Seattle. I to właśnie on najlepiej znał zaginioną agentkę Kate Hewson (Carla Gugino). Byli nie tylko partnerami w pracy, ich związek niemal zniszczył małżeństwo Ethana. Wszystko się zmienia, gdy w samochód agenta wjeżdża ciężarówka. Budzi się w szpitalu w Wayward Pines, gdzie przy łóżku czuwa groźna, nieprzewidywalna siostra Pam (Melissa Leo). Szybko okazuje się, że Pam woli zadawać ból niż leczyć. Pam i Ethan stają się śmiertelnymi wrogami, a rola pielęgniarki w życiu miasteczka okazuje się ważniejsza, niż ktokolwiek mógłby przypuszczać. Gdy w mieście tajemnica goni tajemnicę, Ethan zaczyna się zastanawiać czy przypadkiem nie oszalał. Musi stawić czoła tajemniczemu i charyzmatycznemu doktorowi Jenkinsowi (Toby Jones), psychiatrze, który opiekuje się nim w szpitalu w Wayward Pines. Zaczyna też poznawać kolejnych mieszkańców miasteczka, w tym twórcę zabawek Harolda Ballingera (Reed Diamond) i nawiązuje więź z Beverly (nominowana do Oscara i Nagrody Emmy Juliette Lewis), barmanką, która w równym stopniu jak on nie ufa Wayward Pines. Z kolei w Seattle żona Ethana, Theresa Burke (Shannyn Sossamon), niegdyś stażystka tajnych służb, zostaje poinformowana przez jego szefa, Adama Hasslera (Tim Griffin), że wstępne badania wykazały, iż Ethana nigdy nie było w samochodzie znalezionym na poboczu drogi za Wayward Pines. Śledztwo nadal będzie się toczyć. Theresie to jednak nie wystarcza. Dlatego sama postanawia wyruszyć na poszukiwanie męża wraz z ich nastoletnim synem, Benem (Charlie Tahan). W tym samym czasie na drodze Ethana na każdym kroku stają wojowniczy mieszkańcy miasteczka, w szczególności szeryf Arnold Pope (Terrence Howard), który z niechęcią odnosi się do węszącego na jego terenie tajnego agenta. W prowadzonym przez Ethana śledztwie mnożą się kolejne pytania, z których każde prowadzi do najważniejszego: "Co jest nie tak z Wayward Pines?"