Grupa agentów rozwiązuje zagadki kryminalne mające związek z Marynarką Wojenną i Korpusem Marines. Grupą dowodzi agent specjalny Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon), doświadczony i twardy były komandos. Pracuje wraz z byłym detektywem z wydziału zabójstw Tonym DiNozzo (Michael Weatherly), specjalistką sądową Abby Sciuto (Pauley Perrette) i lekarzem sądowym doktorem Donaldem Mallardem (David McCallum). Do drużyny dołącza wkrótce Caitlin Todd (Sasha Alexander), agentka Secret Service, a także nowicjusz Timothy McGee (Sean Murray).